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贝克曼助力NGS文库制备实现速度与通量的飞跃

时期:2022-05-19 05:18 点击数:
本文摘要:NGS技术的进步加速了基因组学研究的脚步。虽然NGS技术获得了广泛的应用但许多实验室在NGS文库制备方面仍面临着瓶颈。 文库制备前后都需要多个步骤文库制备前包罗DNA提取、定量和片段化制备后的步骤包罗文库质量评估、文库定量和归一化。该历程繁杂耗时耗力在一定水平上延误了研究历程。 作为液体处置惩罚专家贝克曼库尔特在NGS文库制备流程方面举行了多方面的技术创新。如何实现高通量、低成本的NGS建库?NGS文库中关键Pooling步骤如何提高?

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NGS技术的进步加速了基因组学研究的脚步。虽然NGS技术获得了广泛的应用但许多实验室在NGS文库制备方面仍面临着瓶颈。

文库制备前后都需要多个步骤文库制备前包罗DNA提取、定量和片段化制备后的步骤包罗文库质量评估、文库定量和归一化。该历程繁杂耗时耗力在一定水平上延误了研究历程。

作为液体处置惩罚专家贝克曼库尔特在NGS文库制备流程方面举行了多方面的技术创新。如何实现高通量、低成本的NGS建库?NGS文库中关键Pooling步骤如何提高?此外对于捕捉测序文库制备贝克曼库尔特又做了哪些努力?下面我们一起来相识一下。

01

单细胞文库构建方案

单细胞测序起始核酸质料少少步骤比普通NGS繁杂实验周期更长难度和风险也更大。

而液体处置惩罚专家贝克曼库尔特的 Echo硬核技术决议它很是适合解决单细胞测序中遇到的超高通量、技术灵活多变、反映scale-down成本控制、交织污染等问题。

据悉Echo接纳声波能量精准地转移液体 无需接触和使用吸头、喷嘴或导管等工具喷射液滴单元可以低至2.5nL。同时可实现动态液体分析通过声能判断液体组成身分、液体高度进而盘算向目的板中转移准确体积所需的能量实现准确移液。

Echo可以完成常用微量核酸扩增从添加变性剂处置惩罚、终止液处置惩罚到Phi29酶恒温扩增等步骤实现超小体积下的全基因组放大。同时 声波移液还能完成单细胞NGS文库的制备

以SMART-Seq cDNA文库制备为例使用Echo将SMART-Seq反映体系(50 uL)缩小458101620至32倍Nextera XT 试剂盒缩小10倍(50 uL至5 ul)使用。所有反映均能够获得足够下游上机测序的文库。

点击检察:DO MORE with LESS | 用声波玩转单细胞测序

图:接纳Echo比力384个文库的200nL/文库等体积混样和等摩尔量混样。

效果显示经Echo Pooling后文库获得越发均一的测序量。

02

IDT文库构建方案

二代测序成本虽然已经下降了几个数量级可是其样本文库制备的成本仍然高昂且历程庞大。

基于此需求 贝克曼库尔特创新推出Biomek i5+Echo 525超高通量自动化整合系统可资助研究人员实现二代测序文库构建中高通量和低成本。

研究团队使用3种差别的微生物样品类型(蜡状芽孢杆菌、大肠埃希氏菌、红球菌)举行实验测试了该微量化方法的有效性。Biomek i5+Echo 525 整合系统的微量化文库制备方案可 将反映体系缩小20倍降低每次反映的试剂成本; 可单次处置惩罚384个样品提高样品处置惩罚通量。

该系统完成384个样品的文库制备 仅需4小时该时间包罗了试剂分装和孵育。

图:接纳Echo完成文库定量微量化反映体系至2uL、4uL及8uL绘制校准曲线。

图:接纳Echo完成的微量化单细胞RNA-seq NGS文库制备流程。

03

NGS文库Pooling

Pooling是测序文库上机前的临门一脚。Pooling实验通常由两位操作者协作将文库归一化到一定浓度将合并测序的文库混淆手工。


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